Филиальная сеть ПГУПС представлена филиалами и структурными подразделениями в зонах действия железных дорог — филиалов ОАО «РЖД». Это Брянский, Калужский, Курский, Орловский и Рязанский филиалы, Ожерельевский железнодорожный колледж, Узловский железнодорожный техникум на Московской железной дороге. С Октябрьской железной дорогой связаны Санкт-Петербургский техникум железнодорожного транспорта, Великолукский и Петрозаводский филиалы. Северная железная дорога объединяет Ярославский филиал, Вологодский и Ухтинский техникумы железнодорожного транспорта.