Биоинформатики СПбГУ первыми из российских ученых получили грант Фонда Цукерберга - Информационный портал

Биоинформатики СПбГУ первыми из российских ученых получили грант Фонда Цукерберга

https://spbu.ru/

https://spbu.ru/

31 Августа 2021

Биоинформатики СПбГУ первыми из российских ученых получили грант Фонда Цукерберга

Биоинформатики Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ стали первыми российскими учеными, получившими грант Фонда Цукерберга на развитие своих проектов SPAdes и QUAST.

Разработанные ими программы имеют открытый код и используются тысячами специалистов в области геномики по всему миру.

«Инициатива Чан — Цукерберга» (Chan Zuckerberg Initiative) — благотворительный фонд создателя Facebook Марка Цукерберга и его супруги Присциллы Чан, основанный в 2015 году. Его целью является помощь в решении сложных социальных проблем, среди которых искоренение болезней и повышение качества образования. Грант, который получил коллектив лаборатории «Центр алгоритмической биотехнологии» СПбГУ, направлен на поддержку программ с открытым исходным кодом, необходимых для биомедицинских исследований.

Лаборатория «Центр алгоритмической биотехнологии» была создана в СПбГУ в конце 2014 года в рамках проекта мегагрантов СПбГУ для решения важнейших вычислительных задач современной биомедицины. Флагманский продукт лаборатории — программа SPAdes (Saint Petersburg Assembler) — используется тысячами специалистов в области геномики по всему миру. Разработанная учеными Санкт-Петербургского университета программа восстанавливает полную первичную структуру геномной ДНК, то есть фактически расшифровывает генетический код.

QUAST (Quality Assessment Tool) — это программа, определяющая качество геномных сборок. Инструмент принимает несколько сборок, поэтому подходит в том числе для их сравнения. Таким образом, программы связаны логикой геномного проекта: оценка качества данных — сборка данных — оценка качества сборки — научный анализ.

"Это уникальный грант, аналогов которому нет. Он является признанием значимости для мировой науки пакета программ, созданных нашей лабораторией. Мало кто создает некоммерческие программы такого уровня и качества, а в России это без лишней скромности единственный бренд с десятками тысяч пользователей по всему миру и признанием лидерства обоих продуктов самыми строгими и придирчивыми экспертами", - пояснила заместитель директора Центра алгоритмической биотехнологии Института трансляционной биомедицины СПбГУ Алла Лапидус.

По ее словам, мало создать хороший продукт, его также нужно достойно поддерживать технически — это масштабная и дорогостоящая работа, требующая высокой квалификации участников. «SPAdes и QUAST являются программами с открытым исходным кодом, и компаниям невыгодно поддерживать их финансово. "Инициатива Чан — Цукерберга" тем и ценна, что при распределении грантов она учитывает не только роль научной составляющей, но и потребность в дорогой "ненаучной" составляющей, без которой науке не на что опираться», — отметила Алла Лапидус.
Источник:  https://spbu.ru/
Короткая ссылка на новость: https://www.nstar-spb.ru/~Ide8T


Газета «Санкт-Петербургский вестник высшей школы»

Санкт-Петербургский вестник высшей школы

музыкальный вестник


 

Информационное агентство  Северная Звезда

С 01.07.2021 11:40:00 по 20.03.2022 12:40:00 Всероссийская литературная премия имени Федора Абрамова «Чистая книга»
С 07.10.2021 03:30:00 по 05.11.2021 04:30:00 Время, вперед!
С 14.10.2021 00:00:00 по 31.10.2021 01:00:00 «Пушкинские дни в Политехническом»
сегодня, c 10:00 до 11:00 Царскосельская Художественная премия
С 18.10.2021 16:30:00 по 20.10.2021 17:30:00 «Творческая ОСЕНЬ-2021»
С 21.10.2021 22:30:00 по 22.10.2021 23:30:00 NAUKA 0+
С 22.10.2021 12:00:00 по 02.11.2021 13:00:00 XXI фестиваль «Международная неделя консерваторий»